Tento text je za začátku určen uživateli systému. Samotné přístroje bohužel
nemají u výrobců žádné normy, protokoly mají různé výjimky a bez intervence techniků je konkrétní připojení obtížné nebo nemožné. Přístroje pak
navíc často obsahují "expertní" systémy a předjímají, že veškerá práce laboratoře je jim podřízena. Proto chtějí nebo alespoň mají možnost zadávat pacienta,
žádajícího lékaře a mnoho dalších údajů, které laboratoř ani nechce nebo nemá důvodu posílat dále.
Správná zásada je ta, že přístroji se říká naprosté minimum - číslo vzorku, materiál, agens a test. Ostatní je v LISu a není důvodu to dávat i jinam. Podobně je správná
zásada ta, že od přístroje se chce jen to, aby provedl svou práci, testování a nic navíc.
Laboratoř tedy používá přístroj ke zjednodušení práce a připojení slouží k tomu, aby data naskákala na svoje místa tak, jako kdyby je někdo na laboratoři
napsal z ruky. Nic víc.
V principu tedy laboratoř může dělat svou práci i bez přístroje či jeho připojení. Pouze to značí více psaní nebo použití jiných metod. Smooth připojení toto tedy
zjednodušuje. Přístroje se vyskytují jak v serologii, virologii tak i v bakteriologii a buď testy rovnou provádějí nebo usnadní čtení výsledků apod. Pozor však na
to, že finální interpretace výsledků je věcí lékaře. Přístroj sice může naměřit X, ale výsledek vždy váží člověk.
Vedle toho existují přístroje pro rozočkování nebo alikvótování. Ty se zde nediskutují, i když je jejich připojení analogické. Vesměs ale neposkytují žádné výsledky.
Co tedy od připojení očekávat? Předem neni jasné, jaký přesně přístroj se vlastně napojí, na trhu jich je ke každému účelu vesměs více. Správné napojení tedy má práci
uspořit a v ideálním případě by uživatel LIS neměl nic jiného poznat, než že píše méně. Data do přístroje by měla automaticky doplout a výsledky by měly naskákat
na svá dosavadní místa.
Odtud dále je věc spíše orientována technicky.
Přístroje poskytují obvykle výsledky a potřebují k tomu "nějaké" údaje z LISu. Přístrojů je mnoho typů, komunikují
mnoha rozdílnými protokoly a detailní připojení konkrétního přístroje a jeho integrace je věcí práce laboratoře. Některé přístroje vážou testy na pacienta, jiné
na vyšetřovaný vzorek a jiné zase na zcela umělý identifikátor. Některé mají omezení na identifikaci (například 16 bitů) a jiné vůbec.
Zde se popisuje hlavní framework.
Obecně platí, že jeden pacient má typicky více vzorků a každý vzorek může být testován v daném přístroji zase vícekrát. Je tedy vztah 1:N:M. Takto tedy vzato, je
správný umělý identifikátor, ze kterého je možno nepřiliš složitě odvodit vzorek a pacienta. To je smyslem toku dat od LISu k přístroji, tedy vedle požadovaných testů.
Příkladem budiž kvantitativní stanovení citlivosti na antibiotika. Pacient P má V vzorků. V nekterém patogenní kmeny nejsou vůbec a v jiném jich je naopak hned pět.
Z těchto pěti pak jsou kvantitativně stanovovány tři kmeny a z toho jsou dva STAU. LIS musí nějak zajistit, že přístroj dostane až na jméno kmene třikrát stejné
údaje, z toho dokonce dvakrát je kmen týž. A přitom výsledky musí být přiřazeny těm správným požadavkům. LIS si tedy sám vede nějak evidenci odesílaných dat a k nim
pak příslušné výsledky. V našem případě požadujeme, aby jméno předávaného XML souboru již bylo samo o sobě dostatečné k jednoznačnému přiřazení výsledků.
Vyšetření, například průměry zón pro diskovou citlivost, se musí provést v LISu, ať už přístroj je či není připojen či zda vůbec existuje. Tedy v LISu vždy
existuje ex-ante možnost konkrétní vyšetřeni zapsat/chtít udělat a časem pak získat výsledky. Mezitím se třeba tisknou worklisty či dělá jiná odpovídající
činnost. Integrací přístroje se zde myslí právě tyto kroky:
Identifikace vzorku, pacienta, vyšetření a konkrétního umístění testu v zápisu se "nějak" předají přístroji. Zde je dobré vědět, že nestačí ani pacient.
ani vzorek - vzorek může obsahovat více agens a stejných testů může být potenciálně více v jednom vzorku. Zdůrazněme zde opět, že pro stejný vzorek je možné chtít vicekrát
stejné vyšetření pro stejné (tj. stejnojmenné) agens a pro stejný klinický materiál. Například stejný kmen může být v primokultuře i v pomnožení. Stejně tak ale je možno
stejnojmenné kmeny, ale přitom různé izolovat v různých fázích vyšetření. Pacient je třeba infikován hned dvěma různými STAU.
Přístroj svým tempem věc vyšetří a podle své povahy rychleji či pomaleji vydá výsledky, zase "nějak", avšak děje se tak asynchronně. Prostě se jednou rychlostí data do
přístroje vkládají a jinou rychlostí vybírají. Výsledky se "jako zázrakem" objeví ve vyšetřeních, jsou-li tedy hotovy. Při dokonalé integraci se tváří tak, jako kdyby data někdo
do knihy zapsal ručně.
Zde se tedy popisuje, co má uživatel či dodavatel přístroje udělat, aby takovouto integraci zajistil a co tedy LIS nabizí rovnou.
Pro komunikaci jsou určeny dva adresáře sdílené protokolem SMB (a případně i jinak), zde i v dalším je P zkratkou za konkrétní přístroj. Jsou to P-to a P-from. V prvním adresáři
se svou rychlostí kumulují soubory v XML formátu a vznikají, když je určité vyšetření ordinováno. V našem případě to tedy je razítko/formulář a konkrétní vzor pro XML si
po dohodě s laborkou stanoví dodavatel přístroje. V principu to jsou pořád tytéž údaje - informace o vzorku, pacientovi, parametry či jména testů apod. Materializují se jako
soubory typu XML v adresari P-to a jmenují se podle schématu LaboratorníČíslo-SouřadniceVZápisu-...XML. Jejich konkrétní podobu tedy definuje dodavatel přístroje
a jeho povinností je soubor po zpracování vymazat. Časem do adresáře P-from umístí stejnojmenný či dané jméno rozšiřující soubor, obsahující výsledky. LIS pak na znamení toho, že věc zpracoval, data
po sobě smaže. Oba adresáře se pročistí automaticky o cca 15 dnů staré zastydlé soubory - osiřelá, nikým nevyžádaná nebo stornovaná vyšetření apod.
Příklad komunikace, přístroj Adagio:
Komunikace tam soubor M0056579-14-4.xml
Komunikace sem soubor K0020042-48-7-validated_analysis_374_20160727_094933.xml
Komentář. Jak vidno, XML soubory mohu být i velmi složité. Ne nutně ale mají tagy pro laboratorní
čísla či souřadnice v zápisu. To je zakódováno v názvu souboru, pro jistotu.
Kdo udělá adresáře P-* - obvykle JLabs, správce aplikace.
Kdo zajistí sdílení - obvykle už je sdíleno, mountující počitač je v LANu laboratoře.
Kdo zajistí plnění P-to? JLabs dostane podklady od dodavatele přístroje a od uživatele. Je to součástí běžné údržby, pokud si nikdo nevymyslí zcela absurdní
věci.
Kdo zajistí plnění P-from? Dodavatel přístroje.
Kdo zajistí načítání dat - dodavatel dodá podklady a zajistí JLabs. Je to součástí běžné údržby, pokud si nikdo nevymyslí zcela absurdní
věci.
Kdo zajistí fyzickou komunikaci s přístrojem - dodavatel přístroje. Modernější přístroje grosso-modo komunikují předneseným způsobem. Někde se musí změnit jména
adresářů, jinde musí být adresáře připojeny "písmeny", případně po zapnutí se nachazí přístor či obslužný počítač v nestabilním stavu. To se často projeví vymazáním
vstupních souborů bez náhrady. Toto step by step vyřeší dodavatel přístroje s provozovatelem LIS. Například opětovným posláním apod. Starší přístoje komunikují vesměs
sériovými protokoly, kdy jeden test nebo jeden výsledek je tokem a ne souborem. Zde tedy připojení je materializace toku. Důležité je zde tušit, že přístroj
ani není kam strčít. Modernější servery a PC prostě ani COM port nemají. Materializace toku může probíhat na obslužném PC nebo na serveru samotném, prostě tam, kde existuje
fyzická možnost seriové komunikace, třeba pomocí převodníku seriového portu na ethernet apod.
