Laboratorní aplikace má za základní cíl registraci přicházejících vzorků, úplnou evidenci všech prováděných úkonů až do ukončení a validace práce. Poté generuje výsledky a připraví je jak pro tisk, tak i pro vystavení na web serveru. Vypočítá se také účet pro plátce nebo pojišťovnu.

Až sem se jedná vlastně o celkem standardní evidenční agendu, na které zdánlivě není příliš co zkoumat. Registrace se provádí nad browserem vzorků pomocí programovatelného formuláře. Pak se vygeneruje zápis do knihy a v něm se pokračuje dokud není zkoumání vzorku hotovo. Pak následuje složitější algoritmus generování výsledku a účtování a celá věc je uzavřena.

Pár pojmů:

V kontextu mikrobiologie se často místo programovatelný formulář používá pojem "razítko".
Laboratoř znamená část oddělení klinické mikrobiologie, tedy ne jinou laboratoř. Organizace práce je často taková, že vzorek již od okamžiku příjmu je poslán do konkrétních dveří na konkrétní "pracovní linku". Toto rozdělení může respektovat různá kriteria odborná i organizační. Třebas jedna laboratoř pro jednotky intenzivní péče, jiná pro ambulance a zase jiná pro gynekologická vyšetření. Toto rozdělení může také být motivováno tím, že v rámci jedné výrobní linky chceme využívat spíše jednu množinu metod než jinde.
...

Komplikace začínají až teprve tím, že samotná podstata mikrobiologie a bakteriologie zvlášť je velmi exotická, nestandardní. Vůbec se nepodobá například biochemii - v bakteriologie je ohromná variabilita v tom, co a jak se zkoumá a výsledek není nijak předem determinován. Vlastní systém je vysoce konfigurovatelný a podporuje uživatelské nastavení snad všech možných parametrů. Zde jenom pro pořádek vyjmenujeme pár z nich:

Každý ze zkoumaných materiálů i každé z požadovaných vyšetření může přispět vlastním způsobem do iniciálně generovaného zápisu do knihy. Tento způsob je ovládán uživatelem a umožňuje sofistikované vytvoření vzoru pro pracovní postup. Generovaný zápis je možno vázat algoritmicky na laboratoř, materiál, ale i typ pracoviště, odkud vzorek přichází. Je tedy možno selektivně generovat jiný předem připravený pracovní postup pro materiál pocházející z ambulance a stejný materiál pocházející z jednotky intenzivní péče.
Tvar výsledků je definován uživatelskými mustry - je tedy zcela v moci uživatele, jak jím produkované výsledky budou vypadat a to včetně jazykového přizpůsobení.
Definice všech elementů zápisu je v rukou uživatele. To se týká i definice sestav antibiotik, definice škál ředění při metodách používajících minimální inhibiční koncentrace apod.
Definice nabídek skupin formulářů / razítek.
Uživatelská definice všemožných nabídek, menu, ale i algoritmů přepočtu hodnot - orakulí.
...

Program zahrnuje v sobě i nástroje na vývoj, definici razítek, mustrů, číselníků apod.

Nejsložitější je vlastně způsob iniciálního generování zápisu v knize a jeho následné zpracování a úpravy. K tomu se dostaneme za chvíli.

Velmi složité je také systematické používání synonym a řešení pojmových ekvivalencí pomocí uživatelských definičních rovnic. Zjednodušeně jde o to, že typicky chceme, aby se systém choval v mnoha kontextech skoro stejně a přitom ale chceme občas "trumfnout" původní chování systému. Podobně někdy chceme, aby se data ukazovala jako zkratky a přitom používala jako plnohodnotné texty. Někdy zase chceme, aby stejně se tvářící nabídky razítek vedly k různým akcím byť by se formálně jmenovaly stejně. I když to zní nesmyslně, není tomu tak. Můžeme klidně chtít, aby volba Alt+C.C vedla k otištění razítka Citlivost na aktuální řádek zápisu. To je univerzální vlastnost. Můžeme ale selektivně chtít, aby pod tímto obratem bylo skryto vždycky jiné razítko jako obvyklá sestava. Tyto triky jsou podpořeny translacemi a aliasy. Prakticky to značí, že v kontextu laboratoře je možno snadno trumfovat obvyklé chování a klidně i chtít generovat výsledek v jiném formátu, než tak činí jiné laboratoře. Blíže o tom viz Translace.

Nyní se podíváme detailněji na to, jak vzorek putuje laboratoří a jaký vliv to má na zápis v knize.

Vzorek je přijímán na příjmu a zde mu je přiřazena dvojice čísel. Základní číslo a číslo laboratorní. Základní číslo je de-facto pořadí mezi všemi vzorky, které vůbec kdy přišly a laboratorní číslo pak je zase pořadí v dané laboratoři. Jelikož se laboratoře značí písmenkem, je laboratorní číslo uvozeno některým z písmen a-z (bez diakritiky). Tato enumerace je sice redundatní (stačilo by jedno z obou čísel) ale osvědčená. Laboranti na Petriho misky píšou pak pouze suffix čísla tak, aby se zajistila praktická jednoznačnost v rámci horizontu obratu vzorků. Systém sám pracuje s plnými čísly, samozřejmě.
Je tedy vzorek zařazen rovnou do laboratoře, která se jeho zpracováním bude zabývat.
Zařazení / registrace vzorku může být doprovázena hned zápisem demografických a jiných údajů z žádanky nebo je vzorek pouze "načíslován" a údaje jsou doplněny ex-post.
Při zápisu demografických údajů je systém schopen podle identifikace (rodné číslo, číslo pacienta) získat data z centrálního registru nemocnice - pokud takový existuje. Tím se zvýší přesnost a zkrátí doba nutná pro typování.
Podobně je systém schopen žádanky převzít v nějaké elektronické podobě, toto je celkem riskantní záležitost, protože hrozí nedetekovatelné omyly. Je tedy praktičtější a údaje opisovat ze žádanek, které jsou spjaty se vzorkem. Výjimkou je situace, kdy nemocnice má unikátně identifikované žádanky a je možno je snímat například čtečkou čárového kódu.
Vedle údajů o pacientovi je nutno do systému dodat i údaje o materiálu a požadovaných vyšetřeních. Zde je systém vybaven sofistikovanou a konfigurovatelnou metodikou toho, jak spolu materiály a vyšetření souvisejí a jak je / není možno tyto údaje měnit v závislosti na rozpracovanosti vzorku.
Demografické i další údaje je možno doplňovat postupně tak, jak jsou zjištěny. Je možno provádět nutné a přitom systémem povolené opravy. Systém sám pak detekuje a označuje porůznu invalidní údaje, jako jsou nesmyslná rodná čísla apod.
Jakmile je známo, o jaký materiál a jaká vyšetření se jedná, je možno zahájit práci s knihou. Kniha je formálně hypertextová MEMO položka (BLOB), do které se velmi speciálním algoritmem zapisuje průběh analýzy.
Iniciální zápis do knihy je vlastně předem vygenerovaný pracovní návod, který by měl pokrýt nejběžnější "osud" podobného vzorku na oddělení. Algoritmus generování je opět zcela konfigurovatelný a jak byl již řečeno, bere v úvahu nejenom materiál a vyšetření, ale i původ vzorku (zařízení, oddělení, typ poskytované zdravotní péče,...) a další parametry. Vygenerovaný zápis je pak jakýmsi mustrem, kterým se práce se vzorkem řídí.
Vyplňují se tedy předem otištěná razítka, prohlašují se za hotová, doplňují se texty k mikroskopickému pozorování, vyplňují se citlivosti. ALE HLAVNĚ: kdekoli předem připravený zápis nepostačuje, jsou do něj dodávány nový elementy (razítka, texty,...) i jejich vazby. Existuje řada triků na derivaci úseků zápisů, které respektují laboratorní praxi a vycházejí z ní.
Každý z elementů zápisu je možno uvést postupně (obvykle na dva stupně) do stavu Hotovo a Validováno. Jakmile je každý z k tomu určených elementů validován, je možno generovat výsledek a práci ukončit.
Je také možno generovat výsledek předběžný.
Jakmile je práce se vzorkem ukončena a výsledek (nález) vygenerován, vzorek se s výjimkou administrátorských zásahů zmrazí a "vypadne" z běžné rutiny.
Při ukončení je zase konfigurovatelným algoritmem vygenerován účet, respektuje to metodiku konkrétní pojišťovny a používá se vlastní abstraktní jazyk, který je teprve při předávání do konkrétní centrální účtovací databáze přeložen podle konkrétních požadavků a formátů.
Účet je sice důležitý, ale z pohledu dalšího využití dat je mnohem důležitější to, že vzorek přechází z kompetence laboratorního systému do kompetence statistického subsystému. Jeho data jsou tedy nadále určena nikoli ke každodenním úpravám a rutinnímu vyhledávání, ale stávají se stále více součástí statisticky hodnocené masy dat.
Individuální výsledky odcházejí na tisk do spooleru, do web serveru nebo i jinam, jak je v daném kontextu zvykem. Někde je možné, že tisk je organizován centrálně a systém fyzicky netiskne nic.
K individuálním výsledkům se posléze přistupuje s menší frekvencí (revize, opakované sdělení výsledku, vytvoření kumulativního výsledku) a lékaři se posléze setkávají s historickými nálezy spíše jenom u "vědecky zajímavých" případů.
Typický obrat vzorků na oddělení je kolem 100,000 a individuální práce s nimi je tak po několika letech bez podpory počítače vlastně nemožná.

Rejstřík kapitoly