Celý systém využívá tradiční adresářovou strukturu. Vzhledem k tomu, že na systém je možno se dívat jak z pohledu unixového serveru, tak i satelitních PC, unifikujeme v popisu používání adresářové struktury znaky "/" a "\" na "/". Ve verzi 2001 mizí adresářová struktura disku l jako sdíleného - datový pohyb se provádí databázovým protokolem na bázi TCP/IP a ne sdílením disků. Instalace verze 2001 se liší standardním uspořádáním viditelných adresářů, organizace na serveru nedoznala zvláštních změn.

Na straně serveru se systém instaluje na vlastní svazek (obvykle samostatný disk a opět tradičně se jmenuje "ibm"). Na serveru jsou následující důležité oblasti. Vzhledem k tomu, že se server dodává jako embedded součást laboratorního systému, není důvodu, aby popsaná organizace byla kdy měněna.

/big - vedlejší svazek určený pro archivaci
/big/stoupa - výstižně pojmenovaná oblast, kam se ukládají den co den veškerá data jakkoli vzniklá během provozu. Důvody jsou forenzní, praktické atd. Obvykle se do těchto dat chodí jenom pro řešení různých omylů a existují spíše jako železná záloha pro případ nutnosti rekonstruovat celý systém při zničení serveru nebo provozních dat. Na rozdíl od vlastního systému jsou data spravována zcela fragmentovaná a tedy při ztrátě kteréhokoli souboru je celková ztráta v systému jako celku minimální. Navíc jsou data ukládána ortogonálně a ke každému individuálnímu souboru je možno se dostat více cestami.
/big/stoupa/res - po dnech zazipované generované výsledky v intranetovém formátu.
/big/stoupa/rex - po dnech zazipované generované výsledky v intranetovém formátu "profi" s odkrytými detaily.
/big/stoupa/spl - po dnech zazipované generované výsledky v širokém tisknutelném formátu.
/big/stoupa/dmp - po dnech zazipované provozní dumpy každé transakce.
/big/stoupa/bak - po dnech zazipované generované výsledky v intranetovém formátu - záložní kopie.
/big/stoupa/jou - po dnech zazipované denní žurnály provozu.
/big/stoupa/all - po dnech zazipované generované totální deskriptory knih, určeno ke statistickým účelům. Jedním ze základních triků celého systému je to, že část výpočetně náročných aktivit je rovnoměrně rozprostřena v čase (pořád se něco málo počítá) i prostoru (každé laboratorní PC i server trochu počítají při každé vhodné příležitosti). Tím pádem se statistika a analýza knih provádí vlastně při každém uložení a ušetří se tím za cenu neznatelného času nakonec mnoho hodin strojového času.
/big/stoupa/key - po dnech zazipované protkoly o stisku kláves na každém PC. Pro ladící a dokumentační účely archivuje systém stisky důležitějších kláves, je tak možno jednak snadněji identifikovat selhání software, ale též dokumentovat průběh ev. "ztrát" dat. Pakliže kupříkladu laborant i přes varování systému data neuloží nebo jinak nereaguje na poplašnou zprávu, je tato situace zaprotokolována.
/big/stoupa/tmp - pracovní prostor.
/ibm - základní datová oblast systému
/ibm/ib - oblast pro databázové soubory, není dostupná síťovým protokolem okolním PC
/ibm/arc - archivní oblast, opět nedostupná pro okolní PC
/ibm/l - základní sdílená datová oblast systému, dostupná okolním PC jako //server/l. Systém je konfigurován tak, že si tuto síťovou jednotku připojují jenom domácí počítače laboratoře, přepokládá se navíc, že je celá laboratoř uklizena za firewall. Ten může být rovněž na serveru oddělení. Okolní počítače si tento diskový prostor připojují jako síťovou jednotku, typicky "L:".
/ibm/l/spooler - oblast práce s hromadými tisky a s databázovou konfigurací systému
/ibm/l/bin - binární programy
/ibm/l/install - instalační sady všech komponent systému
/ibm/l/usr/common/nemoc/data - domovský adresář laboratorních aplikací. Jeho jméno je hrozné, celý systém samozřejmě může rezidovat kdekoli jinde a laboratorní aplikace se startují jednoduše příkazem "cd kamkolijinam". Prakticky se takovéto jiné umístění používá ale jenom pro testování, zácvik apod. Rovněž pro zálohování nebo mirroring pro zbytek nemocnice.

. - vlastní domovský adresář. Zde je celá řada souborů, z nichž nejdůležitější jsou:
data????.nem - databáze jednotlivých pod-laboratoří. Odpovídají laboratořím podle enumerace, A je DATA0000.NEM atd.
counter.sys - systémový čítač základních a laboratorních čísel.
v1.* - konfigurační a spouštěcí soubory pro PC s identifikátorem v1. Každému PC je administrativně při instalaci přidělena unikátní šifra dvou písmen - proměnná ID v environmentu daného PC. Pro jistotu se příkazem SET ID=v1 (a SET ID=vx obecně) uvozují všechny spouštěcí scripty dané stanice.
bin - adresář binárních programů
books - prostor na ukládání knih, organizován po 1000ks, ukládá vždy záložní kopii i odpovídající vstupní protokol, se kterým byla kniha naposledy volána. Na straně serveru běží vlastní zálohovací a kompresní mechanismus, který starší data ukládá úsporněji za cenu pomalejšího přístupu k nim.
cisel - číselníkový prostor
inet - adresář pro komunikaci s intranetem, tiskovým subsystémem a statistickým subsystémem. Laboratorní systém sem ukládá výstupy všemožného druhu a ty jsou na pozadí na straně serveru automaticky odebírány a zpracovávány.
m - domovský adresář modulů vyšetření pro serologii
modules - dtto
spool - alternativní prostor pro "široký formát tiskových výstupů". Záleží na konkrétní situaci, systém produkuje vždycky všechny formáty výsledků. Pokud nějaký v dané instalaci není požadován, je jednoduše rovnou odebírán a posílán rovnou do archivu.
sys - systémový adresář
sys/r - razítka

Rejstřík kapitoly
Nadřízená kapitola dokumentace