JLABS

Mikrobiologie.Kniha.Konvence

Konvence


Bullet Kniha je postavena na myšlence co možná flexibilně a uživatelsky přístupně podpořit záznam činnosti na kterékoli laboratoři v mikrobiologickém oddělení. Fungování bylo navrženo odborníky v mikrobiologii, samotná implementace software je pak pojata jako ergonomická studie. Z toho vyplývá řada nestandardních triků, implicitní používání horkých kláves a především rozsáhlá oblast funkcí, které si definuje koncový uživatel sám. Konfigurovatelnost systému je postavena na následujících principech:


Bullet Veškeré číselníky i datové soubory jsou uživatelsky konfigurovatelné.
Bullet Chování systému je možno individuálně konfigurovat podle lokálních potřeb každé laboratoře.
Bullet Veškeré přednastavené hodnoty formulářů, položek i grafická konfigurace zobrazení jsou uživatelsky definovatelné.
Bullet Konfigurace knihy se generuje automaticky na základě bazálních údajů o vzorku a na základě uživatelské definiční tabulky.


Bullet Stručný přehled základních pojmů


Bullet Organizace pracoviště, číslování. Program předpokládá, že mikrobiologické oddělení (nebo jiný subjekt) je rozděleno do laboratoří. Tyto laboratoře se formálně odlišují písmeny A až Z a o jejich konfiguraci systém nepředpokládá nic zvláštního. Umožňuje ale rekonfigurovat chování programů v závislosti na kódu laboratoře.
Bullet Systém mlčky předpokládá, že existuje nějaký způsob rozdělování analyzovaných vzorků na laboratoře. Toto rozdělování je pro systém formální - a používá je vlastně jenom pro přidělování identifikačních čísel. Každý přijímaný vzorek je identifikován dvěma čísly, která se přidělují v okamžiku registrace vzorku. Celé pracoviště jako celek sdílí jednu databázi registrovaných vzorků. Registrace může probíhat paralelně na libovolném počtu stanic najednou a jejím výsledkem může být buď kompletní vyplnění údajů z žádanek nebo jenom načíslování s tím, že se údaje ze žádanek přetypují až na to bude mít obsluha čas. Tento druhý postup se jeví jako výhodnější, protože zvyšuje průchodnost systému a také minimalizuje současný kontakt operátora se vzorky i počítačem. Při registraci dostane vzorek dva identifikátory. Jednak to je základní číslo (stále roste) a dále pak číslo laboratorní, které vzrůstá v rámci laboratoře. Uživatel má sice právo číslování manuálně posouvat nebo nulovat, nicméně by se k takovému kroku měl odhodlat jenom výjimečně, například při systémové havárii apod. Zmíněná dvě čísla nadále identifikují vzorek a z toho důvodu by byla případná duplicita čísel fatální. Uživatel má ale možnost nechat si zobrazovat jenom několik posledních číslic a tak může de-facto pro potřeby grafického zobrazení nebo psaní čísel přímo na misky/zkumavky používat například jenom trojčíslí, která se automaticky vynulují po každé dosažené tisícovce.


Bullet Browser registrace vzorků. Základní část systému, která podporuje vytváření databáze údajů o vzorcích. Funguje jako konfiguraovatelné přehledné zobrazení (browser), u kterého si uživatel může nastavovat filtrační podmínky, způsob setřídění atd. Pomocí řady triků zajišťuje vazby mezi položkami, vytváření zúžených nebo rozšířených menu apod. V kontextu knihy je důležité to, že browser slouží k vyvolání knihy - stiskem Alt+K - na aktuální položku browseru.


Bullet Materiál, vyšetření, úkony. Přicházející vzorky se kategorizují na materiály. Z hlediska programu se jedná o kategorie definované uživatelským číselníkem a jsou to vlastně kódy. Používané kódy i seznam všech materiálů jsou zcela v režii uživatele a program o nich nepředpokládá nic zvláštního s výjimkou rozumných mezí na šíři používaných znaků. Systém se dodává s předkonfigurovanými daty tak, aby uživatel mohl kategorie modifikovat, převzít apod. To, o jaký materiál se jedná, významně ovlivňuje konfiguraci knihy.


Bullet S materiálem s pojí jedno nebo několik vyšetření, která plynou buď z povahy věci nebo ze žádosti klinického lékaře.


Bullet Materiál a požadovaná vyšetření definují - opět pomocí uživatelských souborů - sadu akcí, které zde nazýváme úkony. To jsou makro akce, které je obvykle nutné vykonat jako důsledek povahy práce. Konkrétněji každý materiál je obvykle nějakým způsobem zpracován a každé požadované vyšetření implikuje řadu nebo i rozvětvující se strom akcí - úkonů. Tento přistup byl využit při tzv. mustrech knihy - viz dále.


Bullet Vzorek, žádanka, vazby položek. Z byrokratického pohledu se jedná o element komunikace s vnějším světem. Vzorek je doprovázen formulářem s údaji, který se nazývá žádankou. Vyznačuje se především tím, že na něm obvykle chybějí některé důležité údaje. Systém používá vlastní seznam snímaných údajů, které by měly pokrývat veškeré rozumné údaje, které mohou se vzorkem přicházet.


Bullet Položky jsou vázány na hierarchii číselníků a nabídek, které si uživatel definuje ve vlastní režii. Může tak tedy například definovat vazbu mezi položkou materiál a nabídkou pro položku vyšetření. Důsledným vytvořením vhodných vazeb mezi položkami se předchází omylům i nesmyslům. Navíc se obvykle rasantně snižuje rozsah nabídek pro položky jako důsledek dedukcí systému učiněných už na základě vyplněných položek. Operátor tedy obvykle dostává na obrazovku jenom nabídku, které logicky odpovídá všem až dosud provedeným krokům vyplnění.


Bullet Mustry knihy. Na základě materiálu a požadovaných vyšetření systém generuje automaticky grafickou pobobu zápisu do knihy. Tato podoba je uživatelsky konfigurovatelná včetně funkčních vazeb mezi materiálem, vyšetřeními a požadovanou konfigurací. Mustry jsou rozděleny do makro-řádků o výšce tří znaků, každý takový trojřádek nebo jejich posloupnost se generuje do knihy jako důsledek příromnosti určitého materiálu/vyšetření. Mustr zápisu je možno opatřit už rovnou jakkoli komplikovaným zápisem, který obvykle bude odpovídat předpokládanému nebo nejobvyklejšímu postupu práce na daném vzorku. To se týká i výsledků, které operátor tedy v obvyklých případech nemusí vyplňovat - jenom je potvrzuje. Mustry a další elementy jsou popsány do detailů v dalším.


Bullet Papír. Zápis knihy se odehrává na tzv. papíře. Je to teoreticky neohraničená oblast - čtvrtina Euklidovské roviny. Jak název napovídá, slouží ke grafickému zápisu. Zápis má jeden základní element, a to razítko. Razítka jsou detailně popsána níže. Slouží jako oblast, kam se buď volným textem, čísleníkem nebo uživatelsky definovatelným formulářem vkládají data, komentáře apod. Jsou organizována tak, aby sloužila jako vstupní data pro automatickou dedukci výsledků. Z papíru se zobrazuje vždy jenom viditelná část - je to největší zobrazovaná oblast na obrazovce. Je-li zápis příliš dlouhý nebo komplikovaný, je možno s ním rolovat všemi směry, program sám obvykle zajišťuje takové podsunutí papíru pod viditelné okénko, aby byla zobrazena právě požadovaná část zápisu.


Bullet Razítka. Jedná se o elementy grafického zápisu postupu vyšetření. Jejich typy, grafická podoba, barva, přednastavené vyplněné hodnoty atd. jsou uživatelsky definovatelné. Program podporuje razítka následujících typů:


Bullet Malá a velká mustrová - slouží ke schématickému naznačení jednotlivých řad úkonů. Odlišují se především způsobem zobrazení - jsou fixována nad papírem a ostatní razítka mohou pod nimi rolovat. Slouží výlučně jako determinativy.
Bullet Textová - slouží jako kontejnery prostých nápisů pro zpřehlednění zápisu.
Bullet Stavová - obsahují volitelné návěští a vyplnitelnou položku. Položku je možno vyplnit z ruky volným textem nebo i pomocí nabídky.
Bullet Semigrafická - slouží jenom k naznačení logiky postupu. Jsou celkem tři - rovnítko, implikace a indentační oddělovač.
Bullet Zoom-razítka - jsou to razítka se dvěma stavy. V základním obsahují volitelné návěští, v zoomovaném pak uživatelsky definovatelný formulář s libovolně složitým layoutem, položkami apod.


Bullet Zápis do knihy probíhá vlastně vyplňováním předem nagenerované množiny razítek otištěných na papíře. V průběhu vyšetření je možno razítka mazat, přidávat/otiskovat nová, duplikovat sledy apod. Výsledkem zápisu do knihy je v každém okamžiku deskriptor razítek (a jejich dat) na papíře. Tato metoda umožňuje následné automatické zpracování pro dedukci výsledků vyšetření. Jakkoli tedy zápis v knize připomíná libovolné barevné uspořádání textu, ikon a formulářů, jedná se ve skutečnosti o přísně spravovanou strukturu, ze které je možno vyhledávat data pro pozdější zpracování.


Bullet Základní stav práce s knihou, oblasti


Bullet Po spuštění se na obrazovce automaticky zobrazí kniha příslušná danému vzorku. Je-li kniha volána pro daný vzorek prvně, systém nageneruje vhodnou konfiguraci sám - o tom blíže viz generování mustrů a jeho číselníky. Jedná-li se naopak o opakované volání, zobrazí se poslední stav. Obrazovka je rozdělena na následující oblasti.
Bullet Horní řádek - obsahuje pouze informaci o datu a aktuálním čase. Slouží jako komunikační oblast při hlášení chyb - zejména tehdy, když by chybový panel při zobrazení překryl právě ta data, která systém odmítá přijmout.
Bullet Spodní řádek - obsahuje podle kontextu stručnou nápovědu, odpovídající funkce je vesměs volat také cvaknutím myši.
Bullet Dvouřádková nebo trojřádková oblast o identifikačních údajích. Tato oblast obsahuje jméno, příjmení a další základní identifikační údaje. Operátor má možnost si vyžádat zobrazení detailního popisu vzorku přes menu funkcí. Data zobrazená v této oblasti se přejímají od browseru registrace vzorků.
Bullet Trojřádková nabídka razítek. Toto je uživatelsky konfigurovatelná oblast. Její definice je popsána v dalším do detailů. Obsahuje barevně odlišitelné rovnice, které operátorovi napovídají, jaké razítko by si mohl vybrat pro otištění na papír. Nabídka může být delší než tři řádky rovnic - v tom případě operátor může s rovnicemi rolovat pomocí kláves Ctrl+PgUp a Ctrl+PgDn. Program je citlivý na stisk kláves Alt+Písmeno. Takovou kombinací se otikávají razítka. Použitelná jsou právě ta písmena, která jsou zobrazena v nabídce a mohou být svázána buď rovnou s jedním konkrétním razítkem nebo hned s celým menu razítek. Jak menu razítek, tak i jejich mnemonická pojmenování jsou uživatelsky definovatelné. Z praktických důvodů se také dá definovat barva zobrazovaných písmen v nabídce. Tím se dosahuje logické kategorizace. Například všechna modrá razítka tvoří určitou skupinu a tak se jeví jenom jako logické, aby se otiskávala stiskem modře vysvíceného symbolu.
Bullet Panel rychlé orientace. Obsahuje tlačítka, která jsou vlastně odkazem na úseky v knize tak, jak vypadala v okamžiku vzniku. Tato tlačítka jsou vlastně makro pohledem na zápis knihy a cvaknutí myši na nich přezobrazí knihu tak, aby se stal viditelným ten úsek, který je svázán s daným talčítkem. Uživatel u tlačítka definuje barvu i nápis. Barvou opět může naznačit odkaz na logiku zpracování - například napřed úkon uvozený modrým razítkem, potom úkon uvozený zeleným atd. Panel se využívá při složitějších zápisech, obvykle operátor vystačí se stiskem F4, kterým si může zobrazit 50 řádků místo 25. Drtivá většina zápisů by se naopak měla vejít přímo do okénka papíru celá.
Bullet Okénko papíru - hlavní oblast. Zde se zobrazuje papír s otištěnými razítky.


Bullet Na tomto místě popíšeme přehledně význam všech kláves v základním stavu knihy. Pokud vede některá akce ke složitějšímu postupu, je to popsáno vždy dále do detailů. Popis je seřazen podle skupin uspořádání klávesnice.


Bullet Esc - konec práce s knihou. Program detekuje provedené změny a upozorní při snaze ukončit práci a neuložit výsledky na disk.
Bullet F1 - zobrazí manuál k programu jako on-line pomůcku.
Bullet F2 - uloží papír na disk a ukončí práci na daném vzorku. Řízení se vrátí browseru vzorků.
Bullet F3 - potlačená ladící funkce.
Bullet F4 - přepínání modu VGA zobrazení mezi 25 a 50 řádky. Za cenu zmenšení znaků je možno alternativně zobrazovat dvakrát více informací.
Bullet F5 - zoom. Podle toho, na kterém razítku na papíře stojí kurzor, se rozvine buď menu/nabídka pro vyplnění hodnoty, nebo se vygeneruje a sejme uživatelsky definovatelný formulář. Nemá-li razítko definovánu zoom-podobu (formulář), pak se stisk F5 projeví jenom varováním na horním řádku.
Bullet F6 - ukončení razítka. Indikuje, že data v zoom-razítku jsou už ukončena a nedají se přepisovat. Ukončené razítko se přebarví do šeda a ponechá si původní barvu jenom v horním levém rohu pro orientaci.
Bullet F9 - menu. Přivolá menu méně frekventovaných akcí. Operátor si může vybrat z následujících:
1 - Duplikace řádku      ^D,^E,^F
2 - Smazání posledního otisku  ^X
3 - Historický sled           Tab
4 - Mod 25/50                  F4
5 - Zoom razítka               F5
6 - Ukončit razítko            F6
7 - Uložit a konec             F2
8 - Razítka dolu            ^PgDn
9 - Razítka nahoru          ^PgUp
H - Help
D - Detailní popis vzorku
S - Speciality
X - Neuložit a konec          Esc

Bullet F11,F12 - otisk semigrafických razítek "=" a "=>". Program nedovolí otisknout dvě semigrafická razítka za sebe.
Bullet Tab - procházení knihou podle historického uspořádání. Každý manuální otisk nového razítka do nagenerované knihy se projeví tím, že daném trojřádku je přiděleno další číslo v historickém uspořádání. Toto uspořádání odpovídá posloupnosti, ve které byly zahájeny sledy úkonů. Číslování se týká jenom řádků uvozených malým mustrovým razítkem. Odpovídající číslo se pak zobrazuje v horním levém rohu razítka. Klávesa skáče podle pořadí a u konce pak zpět na první číslo.
Bullet Písmena, číslice - stojí-li kurzor uvitř stavového razítka, pak je možno rovnou vyplňovat do razítka údaje.
Bullet Alt+Písmena - otisknutí razítka, které je v nabídce razítek uvozeno odpovídajícím písmenem. Razítka se otiskují zásadně na konec aktuálního trojřádku. Je-li s písmenem svázáno konkrétní razítko, pak se rovnou otiskne. Je-li s písmenem svázána nabídka, rozvine se dialog výběru konkrétního razítka.
Bullet Down - šipka dolů - posune kurzor o trojřádek níže. Je-li třeba, pak také odroluje papír.
Bullet Up - šipka nahoru - komplementární k šipce dolů.
Bullet Home - přesune papír i kurzor na sloupec 1.
Bullet End - skočí za poslední razítko na trojřádku.
Bullet Left - šipka vlevo. Jde na předchozí razítko. Jelikož jsou mustrová razítka jenom determinativy a nedají se ani zoomovat a ani vyplňovat, program je přeskakuje a předchozím se obvykle rozumí to razítko, se kterým je možno něco dělat. Program také ev. přeroluje s papírem. Při prázdných trojřádcích a i v jiných situacích se ale program snaží zamezit přiliš divokým skokům kurzoru, a pak se kurzor zastaví i na mustrových razítcích nebo na začátku(tj. zároveň i konci) prázdných řádků.
Bullet Right - šipka vpravo. Komplementární posun k . Jde na logicky další místo na papíře, kde se dá něco dělat.
Bullet Del - smazání razítka. Operátor je varován, že se jedná o neobvyklou akci a po potvrzení se razítko smaže. Tato klávesa by se měla používat jenom výjimečně.
Bullet Ctrl+D, Ctrl+E, Ctrl+F - duplikace. Program umožňuje tři typy duplikací trojřádků. Duplikací se rozumí rozstřižení papíru a vložení jednoho pásu, který je analogický tomu aktuálnímu trojřádku. Duplikaci je možno chtít buď s indentací (vyplnitelná část vkládaného řádku se odsadí indentačním razítkem až za konec aktuálního trojřádku) nebo bez ní. V druhém případě se neprovádí odsazení indentačním razítkem. V obou těchto případech se duplikuje také úvodní mustrové razítko a nuluje se mu pořadí v historickém uspořádání. Konečně posledním typem duplikace je prosté vložení prázdného řádku. Duplikace automaticky také přepočítává souřadnice v panelu rychlé orientace tak, aby jednotlivá tlačítka odkazovala stále do původních - nyní už posunutých oblastí.
Bullet Ctrl+X - smazání právě nebo obecněji naposledy otištěného razítka. Akce by měla sloužit k napravení omylem stisknuté klávesy.
Bullet Ctrl+Y - smazání celého trojřádku. To by měla být jenom výjimečná akce.
Bullet Enter - funguje jako , tedy posun na další razítko.


Bullet Nabídka razítek. Nabídka razítek je obyčejný textový soubor, který se, není-li předefinováno tzv. laboratorním aliasem, jmenuje SYS\REF.DEF. Je to obyčejný textový soubor , ve kterém se definují rovnice vzorového tvaru.


Bullet Volnější kontrola na číselník. Pokud je potřeba v položce zoomovaného formuláře povolit volný text v kombinaci s volbou přes menu, pak je třeba do odpovídajícího číselníku vložit řádek obsahující sekvenci "???|". Formulářový systém pak povolí vložit volný text, možnost vybrat alternativu z menu je rovněž zachována.


Bullet Rejstřík kapitoly
Bullet Nadřízená kapitola dokumentace / rejstřík


JLABS Aktualizováno dne 20000623. Komentář: info@jlabs.cz